Ελέγχει την επάρκεια του συστήματος διαχείρισης καθώς και του συστήματος εσωτερικού ελέγχου του φορέα και εισηγείται σχετικές προτάσεις βελτίωσης

Ελέγχει την ορθή διενέργεια των δαπανών, την ορθή είσπραξη και εμφάνιση των εσόδων, τη διαχείριση κινδύνων, όπως και τη διαχείριση της περιουσίας του φορέα με την εξακρίβωση του ενεργητικού και παθητικού και του μισθολογικού κόστους, για τον εντοπισμό τυχόν φαινομένων κακοδιοίκησης και κακοδιαχείρισης, κατάχρησης, σπατάλης, απάτης ή διαφθοράς και την αποτροπή τους στο μέλλον

Μεριμνά για την εξασφάλιση του απορρήτου και την ασφαλή φύλαξη των αποδεικτικών στοιχείων για όσο χρονικό διάστημα απαιτείται

Διενεργεί τακτικούς, έκτακτους και ειδικούς ελέγχους βάσει του προγραμματισμού της Διεύθυνσης Προγραμματισμού και Συντονισμού Ελέγχων.

Συντάσσει τις εκθέσεις προσωρινών αποτελεσμάτων των διενεργούμενων ελέγχων και τις κοινοποιεί στους εμπλεκόμενους φορείς.

Εισηγείται στην Ε.Σ.ΕΛ. επί του περιεχομένου των εκθέσεων προσωρινών αποτελεσμάτων και επί των τυχόν αντιρρήσεων ή παρατηρήσεων των εμπλεκόμενων φορέων

Συντάσσει την οριστική έκθεση ελέγχου βάσει των αποφάσεων της Ε.Σ.ΕΛ.

Διαβιβάζει το αντίγραφο της οριστικής έκθεσης στις αρμόδιες υπηρεσίες ώστε να προβούν στην έκδοση των Αποφάσεων Δημοσιονομικών Διορθώσεων και καταλογισμών.

Συμμετέχει σε κλιμάκια ελέγχων της Γενικής Διεύθυνσης Δημοσιονομικών Ελέγχων ανεξαρτήτως του εποπτεύοντος Υπουργείου κατόπιν εισήγησης της αρμόδιας Υπηρεσίας και εντολής του Προϊσταμένου της Γενικής Διεύθυνσης.

Συμμετέχει σε κλιμάκια ελέγχων της ΕΔΕΛ.