Σχεδιάζει, βάσει της αξιολόγησης αναγκών και της συλλογής δεδομένων, προγράμματα προαγωγής και αγωγής της υγείας.

Διεξάγει μελέτες και έρευνες, συλλέγει και αξιολογεί τεχνική, επιστημονική και κοινωνικο-οικονομική πληροφόρηση, καλές πρακτικές και στατιστικά στοιχεία, για θέματα πρόληψης και προαγωγής της υγείας, καθώς και για τομείς αρμοδιότητας που εμπεριέχουν την προστασία της σωματικής και ψυχικής υγείας, την πρόληψη ψυχοκοινωνικών κινδύνων, τα κοινωνικά προβλήματα των ευπαθών και ειδικών ομάδων πληθυσμού και εισηγείται τα σχετικά μέτρα πρόληψης και αντιμετώπισής τους.

Συμμετέχει στην εκπόνηση του νομοπαρασκευαστικού έργου της υπηρεσίας και στην έκδοση εγκυκλίων και τεχνικών οδηγιών για την εφαρμογή της νομοθεσίας.

Παρακολουθεί το εθνικό, ευρωπαϊκό και διεθνές δίκαιο σε θέματα αρμοδιότητας καθώς και τις αντίστοιχες τεχνικές και επιστημονικές εξελίξεις και συμμετέχει σε αρμόδια όργανα, επιτροπές και ομάδες εργασίας εσωτερικού/ εξωτερικού.

Μεριμνά για την εξασφάλιση της χρονικής συνέχειας των προγραμμάτων καθώς και για την διαλειτουργικότητα προγραμμάτων με άλλα συναφή προγράμματα.

Παρακολουθεί την πορεία του προϋπολογισμού και των δαπανών του προγράμματος.

Διαχειρίζεται τους κινδύνους για την επιτυχή έκβαση του προγράμματος.

Αξιολογεί τα αποτελέσματα των προγραμμάτων και συντάσσει σχετικές αναφορές.

Το Τμήμα Πρόληψης, Προαγωγής της Υγείας και Δημόσιας Υγιεινής είναι αρμόδιο ιδίως για την ανάπτυξη εκείνων των διαδικασιών μέσω των οποίων τα άτομα γίνονται ικανά να αναπτύξουν τον έλεγχο πάνω στην υγεία τους και να τη βελτιώσουν, την εκπόνηση και εφαρμογή προγραμμάτων προληπτικής ιατρικής, οδοντιατρικής, ψυχικής υγιεινής, κοινωνικής επανένταξης και αποϊδρυματοποίησης χρονίως ψυχικά πασχόντων, την πρόληψη εξαρτήσεων από εξαρτησιογόνες ουσίες, την αντιμετώπιση του αλκοολισμού, την κατάχρηση ουσιών, τις ψυχικές εξαρτήσεις και τον εθισμό. Συνεργάζεται με το καθ' ύλην αρμόδιο Υπουργείο και με φορείς για την υλοποίηση προγραμμάτων Δημόσιας Υγείας. Επίσης είναι αρμόδιο για την εκπόνηση και εφαρμογή προγραμμάτων δημόσιας υγιεινής, τη διαφύλαξη της υγείας των ταξιδιωτών και προάσπιση της δημόσιας υγείας, τους εμβολιασμούς μετακινούμενου πληθυσμού, τη χορήγηση προληπτικής, φαρμακευτικής αγωγής όπως χημειοπροφύλαξη, την ενημέρωση για την αντιμετώπιση των ασθενειών και οδηγίες για νοσήματα, για την κατανάλωση νερού και τροφίμων, για τις επιδημίες λοιμωδών νοσημάτων σε διάφορες χώρες, και τη λήψη μέτρων για την πρόληψη λοιμωδών νοσημάτων.