Προγραμματίζει, συντονίζει και ελέγχει τις παρεχόμενες υπηρεσίες υγείας δημόσιας υγείας.

Σχεδιάζει, βάσει της αξιολόγησης αναγκών και της συλλογής δεδομένων, προγράμματα προαγωγής και αγωγής της υγείας.

Διεξάγει μελέτες και έρευνες για θέματα πρόληψης και προαγωγής της υγείας και εισηγείται τα σχετικά μέτρα πρόληψης και αντιμετώπισής τους.

Συμμετέχει στην υλοποίηση προγραμμάτων πρόληψης και προαγωγής υγείας.

Αξιολογεί τα αποτελέσματα των προγραμμάτων και συντάσσει σχετικές αναφορές.

Συμμετέχει σε διεπιστημονικές ομάδες και επιτροπές.

Το Τμήμα Υγειονομικού Ελέγχου Λιμένος Πειραιώς είναι αρμόδιο ιδίως για: I. Την έκδοση βεβαιώσεων καταλληλότητας δεξαμενών υδροφόρων πλοίων. II. Τον υγειονομικό έλεγχο των πλοίων, τη χορήγηση αδειών διέλευσης και ελευθεροκοινωνιών πλοίων, την έκδοση πιστοποιητικών μυοκτονίας ή απαλλαγής από μυοκτονία σε πλόες εσωτερικού - εξωτερικού και τη έκδοση πιστοποιητικών μεταφοράς σορών - οστών εντός της Χώρας ή στο Εξωτερικό. III. Τη χορήγηση γνωματεύσεων για την έκδοση αδειών ίδρυσης και λειτουργίας καταστημάτων υγειονομικού ενδιαφέροντος επί θαλασσοπλοούντων πλοίων.