Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αγροτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αγροτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη του αγροτικού τομέα και την αγρο-διατροφική υγιεινή και ασφάλεια.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη του αγροτικού τομέα.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αγροτικών προϊόντων.

Το Τμήμα Προγραμματισμού είναι αρμόδιο ιδίως για την παρακολούθηση υλοποιούμενων ετήσιων και πολυετών περιφερειακών αναπτυξιακών προγραμμάτων για τη γεωργία, την κτηνοτροφία και την αλιεία, καθώς και για την έγκριση, τον έλεγχο και την παραλαβή έργων και εργασιών των Περιφερειακών Ενοτήτων Κυκλάδων, τη διαφύλαξη και προστασία της γεωργικής γης από αλλαγή χρήσης της και ιδιαίτερα της γεωργικής γης με υψηλή παραγωγικότητα, την υποβολή προτάσεων για τη σύνταξη τομεακών και λοιπών προγραμμάτων έργων υποδομής για τη μεταποίηση αγροτικών προϊόντων και την ένταξη αυτών σε τομεακά εθνικά προγράμματα καθώς και την αντιμετώπιση των τεχνικών, οικονομικών και διαρθρωτικών προβλημάτων των γεωργικών εκμεταλλεύσεων.