Προγραμματίζει τα στάδια ελέγχου (ορισμός στόχου, μεθοδολογίας, διαδικασιών ελέγχου, των απαιτουμένων αποδεικτικών στοιχείων, κ.λ.π).

Συμβάλλει στην αξιολόγηση του κανονιστικού πλαισίου.

Συντάσσει και αναθεωρεί το Εγχειρίδιο Εσωτερικών Ελέγχων, το οποίο εγκρίνεται από τον Διοικητή της Αρχής. Η κατάρτιση Ετήσιου ή Πολυετούς Προγράμματος Εργασιών, λαμβανομένων υπόψη των στρατηγικών και επιχειρησιακών προτεραιοτήτων της Αρχής καθώς και της αξιολόγησης των κινδύνων και των ευκαιριών της Αρχής. Σχεδιάζει και διενεργεί προγραμματισμένους και έκτακτους ελέγχους επί του συνόλου των υπηρεσιών της Αρχής, των λειτουργιών, των συλλογικών οργάνων αυτής, των διαδικασιών της και των εκτελούμενων έργων, όπως αυτά εντοπίζονται μέσω της διαδικασίας αξιολόγησης και ιεράρχησης των κινδύνων που απειλούν τη λειτουργία τους, σύμφωνα με τις πιθανότητες εκδήλωσης του κινδύνου και τις ενδεχόμενες συνέπειές του. Παρέχει συμβουλευτικά έργα επί του συνόλου των υπηρεσιών της Αρχής, των λειτουργιών, των συλλογικών οργάνων αυτής, των διαδικασιών της και των εκτελούμενων έργων. Ελέγχει και παρέχει διαβεβαίωση περί της επάρκειας του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου της Αρχής και εισήγηση σχετικών βελτιωτικών προτάσεων. Παρέχει συμβουλευτικές υπηρεσίες. Αξιολογεί τη λειτουργία της Αρχής βάσει των αρχών της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης. Ελέγχει την ορθή εφαρμογή των διαδικασιών εκτέλεσης του προϋπολογισμού, σύνταξης και αποστολής στο Υπουργείο Οικονομικών των δημοσιονομικών και λοιπών αναφορών, καθώς και τη διενέργεια των δαπανών και διαχείριση της περιουσίας της Αρχής για τον εντοπισμό τυχόν ενδείξεων φαινομένων κακοδιοίκησης, κακοδιαχείριση, κατάχρηση, σπατάλη ή απάτη, καθώς και εάν η Αρχή αναπτύσσει κατάλληλες δικλείδες για την αποτροπή τους στο μέλλον. Ελέγχει και αξιολογεί τις διαδικασίες κατάρτισης των οικονομικών και μη αναφορών της Αρχής. Αξιολογεί τις διαδικασίες σχεδιασμού και εκτέλεσης των λειτουργιών και των προγραμμάτων της Αρχής. Ελέγχει τη συμμόρφωση της Αρχής προς την ισχύουσα νομοθεσία, τους κανονισμούς και τις πολιτικές που διέπουν τη λειτουργία της. Παρακολουθεί, αξιολογεί και επιβεβαιώνει τις διορθωτικές ή βελτιωτικές ενέργειες που πραγματοποιούνται από τις υπηρεσίες της Αρχής σε συμμόρφωση με τις προτάσεις του εσωτερικού ελέγχου, μέχρι την οριστική υλοποίησή τους. Καταρτίζει Ετήσια Έκθεση με Γνώμη. Γνωστοποιεί αμελλητί στις αρμόδιες υπηρεσίες και στον πειθαρχικό Προϊστάμενο, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις, τυχόν ενδείξεων απάτης ή έλλειψης ακεραιότητας ή πειθαρχικής ευθύνης υπαλλήλων. Μεριμνά για την εκπαίδευση και την επιμόρφωση των εσωτερικών ελεγκτών. Ελέγχει την επάρκεια του συστήματος διαχείρισης των κινδύνων που απειλούν τις πολιτικές και τα προγράμματα της Αρχής. Ελέγχει την ορθή εφαρμογή του Εσωτερικού Κανονισμού λειτουργίας των οργανικών μονάδων και την αξιολόγηση της αποτελεσματικότητας της λειτουργίας τους. Συντάσσει προσωρινές εκθέσεις εσωτερικού ελέγχου και τις αποστέλλει στις εμπλεκόμενες Υπηρεσίες της Αρχής για την επίτευξη συμφωνίας επί των διορθωτικών και βελτιωτικών ενεργειών. Αναπτύσσει και βελτιώνει διαρκώς τη μεθοδολογία και τα εργαλεία του εσωτερικού ελέγχου, σύμφωνα με τα Διεθνή Πρότυπα Εσωτερικού Ελέγχου. Ασκεί κάθε άλλη αρμοδιότητα συναφή με το αντικείμενο και την αποστολή του Τμήματος (άρθρο 2 του ν. 3996/2011, άρθρο 103 του ν. 4808/2021 και σε κάθε άλλη διάταξη της κείμενης νομοθεσίας).