Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές και πολιτικές για τους ελέγχους και επιθεωρήσεις ως προς την τήρηση της νομοθεσίας και των προδιαγραφών της αγροδιατροφικής αλυσίδας.

Υλοποιεί προγράμματα ελέγχων για την αγροδιατροφική αλυσίδα.

Εντοπίζει, καταγράφει και αντιμετωπίζει προβλήματα που συνδέονται με μη συμμορφώσεις του αντικειμένου του ελέγχου.

Ενημερώνεται διαρκώς και εκπαιδεύεται για το αντικείμενο των ελέγχων και επιθεωρήσεών του.

Το Τμήμα Κτηνιατρικής είναι αρμόδιο ιδίως για τη διενέργεια των ελέγχων σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία για την προστασία του ζωικού κεφαλαίου στην περιφερειακή ενότητα, την εξασφάλιση της υγείας των ζώων και τη λήψη μέτρων για την προστασία της δημόσιας υγείας σε επίπεδο περιφερειακής ενότητας.