Σχεδιάζει, συντονίζει και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές των τομέων αρμοδιότητας.

Προτείνει και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές των τομέων αρμοδιότητας.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει, ελέγχει και αξιολογεί σχέδια δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη της αγροδιατροφικής αλυσίδας στους τομείς αρμοδιότητας.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις υγειονομικές απαιτήσεις του εμπορίου ζώντων ζώων, τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων.

Εντοπίζει και καταγράφει προβλήματα που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη των τομέων αρμοδιότητας και καταθέτει προτάσεις για την αντιμετώπισή τους.

Διαχειρίζεται και διενεργεί εργαστηριακές αναλύσεις και εκπαιδεύσεις

Το Τμήμα Υγείας των Ζώων είναι αρμόδιο ιδίως για την έρευνα και τη μελέτη κάθε θέματος που σχετίζεται με την υγιεινή κατάσταση του ζωικού κεφαλαίου, χερσαίου, υδρόβιου, και αμφίβιου και την προστασία γενικά της υγείας των ζώων, την εκτέλεση προγράμματος παραγωγής ζωοτροφών, τον ορισμό σφαγείων στα οποία θα οδηγούνται τα αφικνούμενα στη χώρα μας ζώα σφαγής, τη διενέργεια αναγκαστικών προληπτικών εμβολιασμών κατά λοιμωδών νοσημάτων διαφόρων ζώων, καθώς και για τη λήψη μέτρων σε περίπτωση υποψίας και βεβαιωμένης εμφάνισης γρίπης των ορνίθων καθώς και για τη διενέργεια των ελέγχων σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία για την προστασία του ζωικού κεφαλαίου, την εξασφάλιση της υγείας των ζώων και τη λήψη μέτρων για την προστασία της δημόσιας υγείας.