Εποπτεύει τις εργασίες που πραγματοποιεί το κλιμάκιο έλεγχου σε κάθε επίπεδο και κάθε φάση του έλεγχου/επιθεώρησης και αξιολογεί ατομικά και συλλογικά αποτελέσματα.

Παρέχει τεχνική υποστήριξη σε επιθεωρητές/ελεγκτές.

Προβαίνει σε ανάλυση θεμάτων ή/και κινδύνων.

Συντάσσει Έκθεση Αποτελεσμάτων επιθεώρησης/ελέγχου με διατύπωση συμπερασμάτων και προτάσεων προς τον ελεγχόμενο φορέα και προθεσμία υλοποίησης τους.

Υποβάλλει προτάσεις μέτρων βελτίωσης της ελεγκτικής διαδικασίας.

Συνεργάζεται με άλλους φορείς επιθεώρησης/ελέγχου, με τις Εισαγγελικές Αρχές και τα αρμόδια πειθαρχικά όργανα.

Αρμοδιότητες του Τμήματος είναι: Η συγκρότηση των οργάνων ελέγχου για τον έλεγχο των επενδύσεων κατά τη διάρκεια υλοποίησής τους, την ολοκλήρωση και έναρξη της παραγωγικής λειτουργίας τους, και για την τήρηση των μακροχρόνιων υποχρεώσεων. Ο έλεγχος πληρότητας των αιτημάτων ελέγχου και των εκθέσεων ελέγχου και η διαβίβασή τους στα αρμόδια τμήματα της Διεύθυνσης. H υποβολή προτάσεων για τη θεσμοθέτηση διαδικασιών πιστοποίησης, εκπαίδευσης, αξιολόγησης των μελών του Μητρώου Ελεγκτών και σύνταξης Οδηγού Δεοντολογίας Ελεγκτών και Ελέγχου Επενδύσεων. Η εισαγωγή και ο έλεγχος των στοιχείων παρακολούθησης της υλοποίησης των επενδύσεων και η υποβολή αυτών για την περιοδική έκδοση αποτελεσμάτων παρακολούθησης και προόδου υλοποίησης των επενδύσεων. H παρακολούθηση των επενδύσεων για την τήρηση των μακροχρόνιων υποχρεώσεων και η περιοδική παροχή στοιχείων σχετικά με την τήρηση ή μη. Η ευθύνη για την παρακολούθηση της υποβολής των Δηλώσεων Φορολογικής Απαλλαγής (ΔΦΑ) των αναπτυξιακών νόμων. Η διαχείριση του Προγράμματος Τεχνικής Βοήθειας που δικαιούται η Γενική Διεύθυνση ως Ενδιάμεσος Φορέας Διαχείρισης, όπως ενέργειες ένταξης Πράξεων στο ΕΠ Τεχνική Βοήθεια, χρηματοδότησης από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων, ανάθεσης-διαχείρισης συμβάσεων με προμηθευτές και παρόχους υπηρεσιών. Η εισήγηση για έκδοση αποφάσεων κυρώσεων και δημοσιονομικών διορθώσεων και ανακτήσεων, μετά τη δημοσίευση της απόφασης ολοκλήρωσης και έναρξης παραγωγικής λειτουργίας των επενδύσεων. Η παρακολούθηση της διαδικασίας ανάκτησης της χορηγηθείσας ενίσχυσης. Η εισήγηση επί θεμάτων αρμοδιότητας ενώπιον της Γνωμοδοτικής Επιτροπής. Η αποστολή στοιχείων και η παροχή διευκρινίσεων με τη συνδρομή και των λοιπών τμημάτων της Διεύθυνσης και του Γραφείου Νομικής Υποστήριξης της Γενικής Διεύθυνσης, επί θεμάτων αρμοδιότητας στις δικαστικές και ελεγκτικές αρχές. Η εισήγηση επί της έκδοσης κανονιστικών πράξεων για την εφαρμογή της νομοθεσίας που αφορούν στις αρμοδιότητες του τμήματος.