Σχεδιάζει, συντονίζει και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές των τομέων αρμοδιότητας.
Προτείνει και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές των τομέων αρμοδιότητας.
Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.
Σχεδιάζει, συντονίζει, ελέγχει και αξιολογεί σχέδια δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη της αγροδιατροφικής αλυσίδας στους τομείς αρμοδιότητας.
Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις υγειονομικές απαιτήσεις του εμπορίου ζώντων ζώων, τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων.
Εντοπίζει και καταγράφει προβλήματα που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη των τομέων αρμοδιότητας και καταθέτει προτάσεις για την αντιμετώπισή τους.
Διαχειρίζεται και διενεργεί εργαστηριακές αναλύσεις και εκπαιδεύσεις
Στο Τμήμα Κτηνιατρικής Νάξου ασκούνται, σε τοπικό επίπεδο, αρμοδιότητες των τμημάτων της Διεύθυνσης Κτηνιατρικής Κυκλάδων.