Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αλιευτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αλιευτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων για την ανάπτυξη του αλιευτικού τομέα.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή ή/και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με την αλιευτική παραγωγή και την αξιοποίηση των αλιευτικών προϊόντων.

Μεριμνά για την εφαρμογή του ελέγχου τήρησης των κανόνων στο πλαίσιο της ενωσιακής και εθνικής αλιευτικής νομοθεσίας.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αλιευτικών προϊόντων.

Το Τμήμα Αλιείας Κυκλάδων είναι αρμόδιο για εγκρίσεις μεταβολών αλιευτικού στόλου, εποπτεία εκμετάλλευσης οστρακοφόρων πεδίων, εποπτεία της διαχείρισης και ανάπτυξης των ιχθυοτρόφων υδάτων, παρακολούθηση της εφαρμογής των όρων συμβάσεων εκμίσθωσης μονάδων υδατοκαλλιέργειας, υλοποίηση επιδοτούμενων προγραμμάτων σχετικά με την ανάπτυξη αλιείας, υδατοκαλλιεργειών, εμπορίας και μεταποίησης αλιευτικών προϊόντων, εισήγηση μέτρων για την ορθολογική διαχείριση του ενάλιου πλούτου, λειτουργία του Ολοκληρωμένου Συστήματος Παρακολούθησης και Καταγραφής Αλιευτικών Δραστηριοτήτων (ΟΣΠΑ) του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, εγκρίσεις αγώνων ερασιτεχνικής και αθλητικής αλιείας, παρακολούθηση, τήρηση μητρώου και υποβολή προτάσεων για αλιευτικούς λιμένες, ιχθυόσκαλες, καταφύγια, παρακολούθηση της ρύπανσης και μόλυνσης του υδάτινου περιβάλλοντος και εισήγηση λήψης μέτρων για την προστασία του, μέριμνα για λήψη μέτρων προστασίας στα εσωτερικά ύδατα, εποπτεία της εκμετάλλευσης θυννείων, θαλάσσιων πάρκων, τεχνητών υφάλων, εγκρίσεις αδειών αλιευτικού τουρισμού. Το Τμήμα εκτελεί κάθε άλλη αρμοδιότητα που αφορά την αλιεία και ορίζεται από την κείμενη νομοθεσία.