Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αγροτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αγροτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη του αγροτικού τομέα και την αγροδιατροφική υγιεινή και ασφάλεια.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη του αγροτικού τομέα.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αγροτικών προϊόντων.

Το Τμήμα Ποιοτικού και Φυτοϋγειονομικού Ελέγχου είναι αρμόδιο ιδίως για: I. Το φυτοϋγειονομικό έλεγχο εισαγόμενων και εξαγόμενων γεωργικών προϊόντων και τροφίμων. II. Το φυτοϋγειονομικό έλεγχο πολλαπλασιαστικού υλικού και φυτωρίων. III. Την τήρηση φυτοϋγειονομικού μητρώου και χορήγηση φυτοϋγειονομικού διαβατηρίου. IV. Την επισήμανση και παρακολούθηση της εξέλιξης εχθρών και ασθενειών των καλλιεργειών και εφαρμογή μέτρων για την αντιμετώπισή τους. V. Την εφαρμογή του προγράμματος επισκοπήσεων για εχθρούς και ασθένειες καραντίνας VI. Τη συμμετοχή στην εφαρμογή προγραμμάτων κουνουποκτονίας VII. Τήρηση Μητρώου και επιτόπιοι έλεγχοι σε επιχειρήσεις ξύλινων μέσων συσκευασίας VIII. Τη διενέργεια ελέγχων (διοικητικοί – επιτόπιοι) στα πλαίσια αναγγελίας έναρξης ή ανανέωσης εμπορίας φυτοπροστατευτικών προϊόντων. IX. Τον έλεγχο στη διακίνηση φυτοπροστατευτικών προϊόντων. X. Τη διενέργεια ελέγχων παραγωγού-χρήστη φυτοπροστατευτικών προϊόντων. XI. Τη διενέργεια ελέγχων επιχειρήσεων επαγγελματικής χρήσης βιοκτόνων σκευασμάτων για την καταπολέμηση εντόμων και τρωκτικών σε κατοικημένους χώρους XII. Τη διενέργεια δειγματοληψιών σε τρόφιμα φυτικής προέλευσης στο πλαίσιο ελέγχων για υπολείμματα φυτοφαρμάκων XIII. Την εφαρμογή προγράμματος δακοκτονίας, αρουραιοκτονίας και ακριδοκτονίας. XIV. Τον ποιοτικό έλεγχο εισαγόμενων και εξαγόμενων αγροτικών προϊόντων και τροφίμων. XV. Τη διεξαγωγή ελέγχων σε συνεργασία με τα ΠΚΠΦ- ΠΕ του ΥΠΑΑΤ επί των παραγομένων και διακινουμένων αγροτικών προϊόντων φυτικής προέλευσης. XVI. Τη διεξαγωγή ελέγχων επί των εκμεταλλεύσεων, επιχειρήσεων και ενώσεων αυτών που εμπλέκονται σε οποιοδήποτε στάδιο της παραγωγής, και εμπορίας φυτών, φυτικών προϊόντων και άλλων αντικειμένων. XVII. Την τήρηση του Μητρώου Εμπόρων Νωπών Οπωροκηπευτικών. XVIII. Τον έλεγχο και καταχώρηση των μονάδων τροφίμων οικοτεχνικής παρασκευής στο Κεντρικό Ηλεκτρονικό Μητρώο Οικοτεχνίας XIX. Τη συγκρότηση- σύγκλιση επιτροπών διοικητικών κυρώσεων XX. Τη διενέργεια ελέγχων κατά την εισαγωγή οίνων XXI. Τη διενέργεια ελέγχων κατά τη διακίνηση και εμπορία σταφυλιών γλευκών, οίνων και οινικών προϊόντων XXII. Τη διενέργεια ελέγχων σε οξοποιεία XXIII. Τον έλεγχο εφαρμογής της οινικής νομοθεσίας σε οινοβιομηχανίες ως προς την παραγωγή, διακίνηση και εμπορία οινικών προϊόντων. XXIV. Τη διενέργεια ελέγχων για εγκεκριμένα οινοποιεία για ΠΟΠ,ΠΓΕ XXV. Τη χορήγηση Κωδικών για ΠΓΕ και Ταινιών για ΠΟΠ XXVI. Την αδειοδότηση οινολογικών εργαστηρίων (ανανεώσεις και νέες άδειες) XXVII. Την υποβολή προτάσεων, την εφαρμογή και την παρακολούθηση της εκτέλεσης σε περιφερειακό επίπεδο προγραμμάτων στήριξης οινικών προϊόντων, σύμφωνα με την αμπελοοινική νομοθεσία.