Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αγροτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αγροτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη του αγροτικού τομέα και την αγρο-διατροφική υγιεινή και ασφάλεια.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη του αγροτικού τομέα.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αγροτικών προϊόντων.

Το Τμήμα Ποιοτικού και Φυτοϋγειονομικού Ελέγχου είναι αρμόδιο για τον φυτοϋγειονομικό έλεγχο εισαγομένων και εξαγομένων γεωργικών προϊόντων, τον φυτοϋγειονομικό έλεγχο πολλαπλασιασμού υλικού και των φυτωρίων, τον έλεγχο εφαρμογής οινικής νομοθεσίας σε οινοβιομηχανίες ως προς την παραγωγή, διακίνηση - εμπορία οινικών προϊόντων, τη χορήγηση φυτοϋγειονομικού διαβατηρίου, την εφαρμογή προγράμματος δακοκτονίας, αρουραιοκτονίας και ακριδοκτονίας, την επισήμανση και την παρακολούθηση της εξέλιξης εχθρών και ασθενειών των καλλιεργειών και την εφαρμογή μέτρων για την αντιμετώπιση τους, τη διενέργεια προγράμματος επισκοπήσεων για εχθρούς και ασθένειες καραντίνας, τον έλεγχο και τη διακίνηση φυτοπροστατευτικών προϊόντων και τον έλεγχο επί των εκμεταλλεύσεων επιχειρήσεων και ενώσεων αυτών που εμπλέκονται σε οποιοδήποτε στάδιο παραγωγής και εμπορίας φυτών και φυτικών προϊόντων, την εφαρμογή όλων των αγροπεριβαλλοντικών προγραμμάτων και την παρακολούθηση της εκτέλεσης τους, καθώς και τον έλεγχο και παρακολούθηση παραγωγής προϊόντων Προστατευόμενης Ονομασίας Προέλευσης (ΠΟΠ) και Προστατευόμενης Γεωγραφικής Ένδειξης (ΠΓΕ) φυτικής και ζωικής προέλευσης Είναι επίσης αρμόδιο για τη λειτουργία των εργαστηρίων και των βοτανικών κήπων.