Η υλοποίηση, παρακολούθηση και έλεγχος χρηματοδοτικών προγραμμάτων του τομέα Φυσικού Περιβάλλοντος, που άπτονται της Διαχείρισης Φυσικού Περιβάλλοντος, της Προστασίας και Αναβάθμισης Δασών,της Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος και Πρόληψης / Αντιμετώπισης Θαλάσσιας Ρύπανσης και έργων Φορέων Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών και γενικότερων δράσεων στο θαλάσσιο πεδίο και εκτός αστικού ιστού.

Ειδικότερα ο σχεδιασμός χρηματοδοτικών προγραμμάτων με δράσεις που έχουν σκοπό κυρίως : α. την κατεδάφιση αυθαιρέτων ή και επικινδύνων κτισμάτων β. τον καθαρισμό και οριοθέτηση ρεμάτων, καθώς και την εκτέλεση έργων αποκατάστασης και ανάδειξής τους. γ. την αποκομιδή και ασφαλή διαχείριση αποβλήτων. δδ. την προστασία, αποκατάσταση και ανάδειξη του φυσικού περιβάλλοντος, καθώς και την αποκατάσταση περιοχών που πλήττονται από φυσικές ή ανθρωπογενείς καταστροφές.

Ο συντονισμός των εμπλεκομένων υπηρεσιών, σε εφαρμογή της υφιστάμενης εθνικής και ευρωπαϊκής νομοθεσίας καθώς και των Διεθνών Συνθηκών για την προστασία του περιβάλλοντος και τη βιώσιμη ανάπτυξη, στους τομείς της κλιματικής αλλαγής, της ποιότητας της ατμόσφαιρας, της βιοποικιλότητας, της φύσης των προστατευόμενων περιοχών, της διαχείρισης αποβλήτων, του εδάφους και των περιβαλλοντικών πιστοποιήσεων.

Η διενέργεια των απαραίτητων διαδικασιών για την επιλεξιμότητα (π.χ. κριτήρια αξιολόγησης & επιλογής,εξειδίκευση δικαιολογητικών κλπ) των προτάσεων των φορέων υλοποίησης των σχεδιαζόμενων δράσεων και η συμφωνία με τους φορείς υλοποίησης για τους όρους και τις προϋποθέσεις χρηματοδότησης των δράσεων αυτών από τους Πράσινους και λοιπούς Πόρους.

Η εισήγηση κατάλληλων θεσμικών ρυθμίσεων για τη λήψη και εφαρμογή νέων απαιτούμενων μέτρων και δράσεων, που αποσκοπούν στην προστασία και διατήρηση του περιβάλλοντος στους ανωτέρω αναφερόμενους τομείς, σε συνεργασία με άλλα συναρμόδια Υπουργεία.

Η εισήγηση θέσπισης όρων και περιορισμών στα πλαίσια της διαδικασίας περιβαλλοντικής αδειοδότησης, η θέση τους σε εφαρμογή και η εποπτεία τήρησής τους λαμβάνοντας υπόψη τόσο την Διεθνή, όσο και την Ευρωπαϊκή, αλλά και την Εθνική περιβαλλοντική Νομοθεσία.

Η μέριμνα για το σχεδιασμό, τη διαμόρφωση και την αξιολόγηση της πολιτικής για την προστασία και τη διαχείριση του υδάτινου περιβάλλοντος καθώς και την υλοποίηση συστήματος παρακολούθησης των ποσοτικών και ποιοτικών χαρακτηριστικών του υδάτινου περιβάλλοντος

Η μέριμνα για το συντονισμό και την επικοινωνία με τους συναρμόδιους φορείς σε θέματα που αφορούν την προστασία και διατήρηση των υδατικών πόρων,

Η διαμόρφωση προτάσεων αξιοποίησης των πόρων του Γαλάζιου Ταμείου, σύμφωνα με το ν. 743/1977 (Α΄ 319), μέσω σχεδιασμού σχετικών χρηματοδοτικών προγραμμάτων.