Σχεδιάζει, συντονίζει και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές των τομέων αρμοδιότητας.
Προτείνει και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές των τομέων αρμοδιότητας.
Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.
Σχεδιάζει, συντονίζει, ελέγχει και αξιολογεί σχέδια δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη της αγροδιατροφικής αλυσίδας στους τομείς αρμοδιότητας.
Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις υγειονομικές απαιτήσεις του εμπορίου ζώντων ζώων, τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων.
Εντοπίζει και καταγράφει προβλήματα που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη των τομέων αρμοδιότητας και καταθέτει προτάσεις για την αντιμετώπισή τους.
Διαχειρίζεται και διενεργεί εργαστηριακές αναλύσεις και εκπαιδεύσεις
Υποστηρίζει τις διαδικασίες κατάρτισης ή και αναθεώρησης των εσωτερικών κανονισμών πιστοποίησης αγροτικών προϊόντων και τροφίμων και καταθέτει σχετικές εισηγήσεις.
Υποστηρίζει τις διαδικασίες οργάνωσης και υλοποίησης ενεργειών ενημέρωσης των ενδιαφερόμενων σχετικά με τις διαδικασίες πιστοποίησης του ΕΛ.Γ.Ο. - ΔΗΜΗΤΡΑ.
Παρακολουθεί τα θέματα που αφορούν την πιστοποίηση και διαχέει την γνώση προς τις συνεργαζόμενες επιχειρήσεις και τους εξωτερικούς συνεργάτες.
Υποστηρίζει τις διαδικασίες σύναψης συνεργασιών με εξωτερικούς φορείς.
Υποστηρίζει τις διαδικασίες παραλαβής και αξιολόγησης των αιτήσεων των ενδιαφερομένων επιχειρήσεων που δραστηριοποιούνται στα αντικείμενα αρμοδιότητας του Τμήματος, καθώς και της προώθησής τους στο Τμήμα Επιθεωρήσεων και Ελέγχων για ένταξη στις διαδικασίες ελέγχου αξιολόγησης.
Επεξεργάζεται και αξιολογεί τις εκθέσεις ελέγχου και τα αποτελέσματα των εργαστηριακών αναλύσεων.
Συντάσσει εισηγήσεις για τη λήψη αποφάσεων χορήγησης, μη χορήγησης, ανανέωσης, μη ανανέωσης, ανάκλησης, πιστοποιητικών, βεβαιώσεων ή σημάτων συμμόρφωσης.
Εκτελεί τις απαραίτητες εργασίες για την τήρηση αρχείου (ηλεκτρονικού και φυσικού φακέλου) των επιχειρήσεων που δραστηριοποιούνται στα αντικείμενα αρμοδιότητας του Τμήματος και ελέγχει τα εισερχόμενα έγγραφα που αποστέλλονται από αυτές.
Συντάσσει εισηγήσεις για την επιβολή κυρώσεων σε περιπτώσεις διαπίστωσης παραβάσεων κατά τη διενέργεια των ελέγχων επιχειρήσεων που σχετίζονται με τα αντικείμενα αρμοδιότητας του Τμήματος.
Ενημερώνει και επικαιροποιεί τα μητρώα πιστοποιημένων επιχειρήσεων και δικαιούχων χρήσης ενδείξεων ή σημάτων που σχετίζονται με τα αντικείμενα αρμοδιότητας του Τμήματος.
Υποστηρίζει τις διαδικασίες συλλογής και επεξεργασίας στατιστικών στοιχείων που σχετίζονται με τα αντικείμενα αρμοδιότητας του Τμήματος.
Παρέχει υπηρεσίες υποστήριξης λειτουργίας του Συμβουλίου Αναγνώρισης.
Διεκπεραιώνει την αλληλογραφία του τμήματος και τηρεί σχετικό αρχείο.
Προτείνει τρόπους βελτίωσης της αποδοτικότητας και αποτελεσματικότητας της λειτουργίας του Τμήματος.
Αναλαμβάνει κάθε άλλη συναφή αρμοδιότητα που του ανατίθεται από τον Προϊστάμενο του Τμήματος.