Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αγροτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αγροτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη του αγροτικού τομέα και την αγρο-διατροφική υγιεινή και ασφάλεια.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη του αγροτικού τομέα.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αγροτικών προϊόντων.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αλιευτικού τομέα. Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αλιευτικού τομέα. Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους. Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων για την ανάπτυξη του αλιευτικού τομέα. Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή ή/και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με την αλιευτική παραγωγή και την αξιοποίηση των αλιευτικών προϊόντων. Μεριμνά για την εφαρμογή του ελέγχου τήρησης των κανόνων στο πλαίσιο της ενωσιακής και εθνικής αλιευτικής νομοθεσίας. Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αλιευτικών προϊόντων

Το Τμήμα Αλιείας είναι αρμόδιο ιδίως για τη μίσθωση με δημοπρασία των ιχθυοτρόφων υδάτων εν γένει, τον καθορισμό της προστατευτικής ζώνης πέριξ του τοποθετούμενου αλιευτικού εργαλείου, σε θαλάσσιους παραλιακούς χώρους, την απόφαση αυξομείωσης των συμβατικών δόσεων μίσθωσης ιχθυοτροφείου σε ιδιώτες, την υποβολή αιτήματος προς παροχή σύμφωνης γνώμης του Γενικού Επιτελείου Στρατού για τον καθορισμό των όρων των συμβάσεων εκμίσθωσης των εφαπτόμενων των συνόρων λιμνών ή ιχθυοτρόφων υδάτων, τη χορήγηση αδειών ίδρυσης συσκευαστηρίων νωπών αλιευμάτων και εργαστηρίων συσκευασίας και μεταποίησης κατεψυγμένων αλιευμάτων και την ίδρυση ιχθυοσκάλων καθώς και για τον καθορισμός της έδρας αυτών.