Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αλιευτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αλιευτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων για την ανάπτυξη του αλιευτικού τομέα.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή ή/και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με την αλιευτική παραγωγή και την αξιοποίηση των αλιευτικών προϊόντων.

Μεριμνά για την εφαρμογή του ελέγχου τήρησης των κανόνων στο πλαίσιο της ενωσιακής και εθνικής αλιευτικής νομοθεσίας.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αλιευτικών προϊόντων.

Το Τμήμα Αλιείας Περιφερειακής Ενότητας Νάξου είναι ιδίως αρμόδιο για την άσκηση εποπτείας και ελέγχου στον τομέα της αλιείας στην περιοχή δικαιοδοσίας της περιφέρειας, την κατάρτιση μελετών και τη σύνταξη εκλαϊκευμένων εντύπων που αφορούν σε δραστηριότητες θαλάσσιας αλιείας, τη διοργάνωση ενημερωτικών συναντήσεων με αλιείς, την έκδοση βεβαίωσης πώλησης αλιευμάτων ιδίας παραγωγής, τη σύμφωνη γνώμη για αγορά σκάφους επαγγελματικής αλιείας, την έγκριση χορήγησης άδειας σε αλιευτικά σκάφη για διενέργεια δοκιμαστικής αλιείας, την έγκριση για διενέργεια αθλητικής αλιείας, την έγκριση χορήγησης ερασιτεχνικής άδειας αλιείας σκάφους, την άδεια χρήσης καταδυτικών συσκευών σε περιπτώσεις διεξαγωγής ερευνών, την έγκριση χορήγησης επαγγελματικής άδειας αλιείας σκάφους, την έγκριση μεταβίβασης κυριότητας επαγγελματικής άδειας αλιείας σκάφους, την έγκριση αντικατάστασης αλιευτικού σκάφους, την έγκριση αντικατάστασης μηχανής αλιευτικού σκάφους, την έγκριση μετεγγραφής και μετονομασίας αλιευτικού σκάφους, την έγκριση εκπρόθεσμης ανανέωσης αλιευτικού σκάφους, την έγκριση μετασκευής και ανακαταμέτρησης αλιευτικού σκάφους, την έγκριση πρόσθετων εργαλείων αλιευτικού σκάφους, την έγκριση αποχαρακτηρισμού και αλλαγή δραστηριότητας επαγγελματικού αλιευτικού σκάφους, την καταχώρηση αιτήσεων, εγκρίσεων και στοιχείων αλιευτικής παραγωγής στο ΟΣΠΑ, καθώς και διοικητική υποστήριξη, ηλεκτρονικό πρωτόκολλο και αλληλογραφία.