Συντονίζει και ελέγχει τον προγραμματισμό του έργου, τη σύνταξη προϋπολογισμού, την παρακολούθηση των χρηματοδοτικών ροών και τη συνεργασία με τους χρηματοδοτικούς φορείς.

Ελέγχει την πορεία υλοποίησης του φυσικού και του οικονομικού αντικείμενου του έργου και εισηγείται σε ανώτερο ιεραρχικά επίπεδο, αναγκαίες τροποποιήσεις στο φυσικό ή/και στο οικονομικό αντικείμενο εφόσον αυτό απαιτείται.

Εφαρμόζει και ελέγχει την τήρηση συστήματος οικονομικής διαχείρισης.

Συντονίζει, ελέγχει και αξιολογεί τα μέλη της ομάδας έργου.

Ελέγχει την τήρηση των συμφωνηθέντων με τον ανάδοχο/ υπεργολάβους/ παραχωρησιούχους / εκπροσώπους εξωτερικών φορέων (ως προς το έργο) που επηρεάζουν το έργο και άλλα τρίτα μέρη.

Συντονίζει τον έλεγχο της ποιότητας του έργου και εισηγείται για την ανάληψη τυχόν απαραίτητων διορθωτικών ενεργειών.

Παρέχει υποστήριξη στους ελέγχους (δημοσιονομικούς, διαχειριστικούς, φυσικής προόδου κ.λπ.) που διενεργούν οι ελεγκτικές υπηρεσίες και επιτροπές των Κοινοτικών Ταμείων, εφόσον συγχρηματοδοτούν το εν λόγω έργο.

Ελέγχει τον τελικό απολογισμό του φυσικού και οικονομικού αντικειμένου του έργου και συντονίζει τις διαδικασίες για την ολοκλήρωση και παραλαβή του έργου-μελέτης-υπηρεσίας.

Στο Τμήμα Εκτέλεσης Έργων υπάγονται ιδίως οι αρμοδιότητες που ανάγονται στην εκτέλεση των έργων οδοποιίας, των λιμενικών έργων, των κτιριακών και λοιπών αρχιτεκτονικών έργων, των εγγειοβελτιωτικών έργων, των έργων περιβάλλοντος και των υδραυλικών έργων καθώς και στην άσκηση εποπτείας επί των Γενικών Οργανισμών Εγγείων Βελτιώσεων (Γ.Ο.Ε.Β.), σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία και στη διαχείριση και συντήρηση οχημάτων και μηχανημάτων έργων που κατ' αρμοδιότητα ανήκουν στις Περιφερειακές Ενότητες Δωδεκανήσου.