Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές και πολιτικές για τους ελέγχους και επιθεωρήσεις ως προς την τήρηση της νομοθεσίας και των προδιαγραφών της αγροδιατροφικής αλυσίδας.

Υλοποιεί προγράμματα ελέγχων για την αγροδιατροφική αλυσίδα.

Εντοπίζει, καταγράφει και αντιμετωπίζει προβλήματα που συνδέονται με μη συμμορφώσεις του αντικειμένου του ελέγχου.

Ενημερώνεται διαρκώς και εκπαιδεύεται για το αντικείμενο των ελέγχων και επιθεωρήσεών του.

Υλοποιεί επισήμους ελέγχους στον τομέα των τροφίμων ζωικής προέλευσης και σύνθετων τροφίμων μέσω επιθεωρήσεων και δειγματοληψιών στο πλαίσιο της ανάλυσης επικινδυνότητας σε τοπικό επίπεδο, της υποστήριξης των προτεραιοτήτων και της διασφάλισης της κατάλληλης συχνότητας. Διενεργεί ελέγχους για την διαπίστωση της συμμόρφωσης με την τήρηση των γενικών απαιτήσεων υγιεινής και ασφάλειας σε όλα τα στάδια της αλυσίδας παρασκευής, μεταποίησης, αποθήκευσης, διανομής, μεταφοράς και διάθεσης, συμπεριλαμβανομένων του ενδοκοινοτικού εμπορίου, των εισαγωγών - εξαγωγών από ή προς τρίτες χώρες και ειδικότερα ελέγχους για: την τήρηση των κανόνων ορθής υγιεινής, βιομηχανικής και παρασκευαστικής πρακτικής, την εφαρμογή συστημάτων και διαδικασιών που βασίζονται στις αρχές του HACCP, την τήρηση των κανόνων ιχνηλασιμότητας, την εξέταση πρώτων υλών, ενδιάμεσων προϊόντων και της συμμόρφωσης των τελικών προϊόντων με την τήρηση των απαιτήσεων της νομοθεσίας, την τήρηση των απαιτήσεων ειδικής νομοθεσίας περί προσθέτων, την τήρηση των απαιτήσεων της νομοθεσίας περί των υλικών και αντικειμένων σε επαφή με τα τρόφιμα, την τήρηση των απαιτήσεων της νομοθεσίας σχετικά με την επισήμανση, παρουσίαση και διαφήμιση των τροφίμων, τις απαιτήσεις της ορθής διαχείρισης του σήματος αναγνώρισης επί των προϊόντων ζωικής προέλευσης, την αξιολόγηση εξέτασης γραπτού υλικού και άλλων αρχείων σε συμμόρφωση με τη νομοθεσία. Διενεργεί δειγματοληψίες τροφίμων προς ανάλυση και επαλήθευση της συμμόρφωσης τους με την ισχύουσα νομοθεσία. Διενεργεί ελέγχους στις περιπτώσεις εξαγωγών τροφίμων και την έκδοση ανάλογων πιστοποιητικών. Συνδράμει στις επιθεωρήσεις ενωσιακών οργάνων, αποστολών τρίτων χωρών και άλλων αρχών. Εφαρμόζει οδηγίες και εγκυκλίους που διαμορφώνονται από την Κεντρική Υπηρεσία. Τεκμηριώνει τις ενέργειες του επίσημου ελέγχου με την συμπλήρωση και απόδοση σχετικών εντύπων στους ενδιαφερόμενους και σε άλλες αρμόδιες αρχές. Μεριμνά για την συγκρότηση επιτροπών που άπτονται ενεργειών στην περίπτωση μη συμμορφώσεων με τις απαιτήσεις της νομοθεσίας των τροφίμων και κατά την διαδικασία επιβολής διοικητικών κυρώσεων σύμφωνα με τις διατάξεις της κείμενης νομοθεσίας και συμμετέχει σε αυτές. Συμμετέχει στη διαμόρφωση των μορφών συνεργασίας με άλλες αρμόδιες αρχές για τον επιμερισμό των ελέγχων και συντονισμού για την υλοποίηση των προγραμμάτων επίσημου ελέγχου των τροφίμων. Μεριμνά για την ενημέρωση της Κεντρικής Υπηρεσίας σχετικά με τα αποτελέσματα επίσημου ελέγχου και την καταχώρηση των αποτελεσμάτων και των αντίστοιχων εκθέσεων στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα του ΕΦΕΤ, απαντά σε ερωτήματα φορέων, υπηρεσιών, επιχειρήσεων, και καταναλωτών στον τομέα αρμοδιότητάς του Τμήματος.