Προγραμματίζει τα στάδια ελέγχου (ορισμός στόχου, μεθοδολογίας, διαδικασιών ελέγχου, των απαιτουμένων αποδεικτικών στοιχείων, κ.λ.π).

Συλλέγει και αξιολογεί τα διαθέσιμα και συλλεχθέντα στοιχεία ως προς την εγκυρότητα και τη νομιμότητα τους, με παράλληλο έλεγχο της αποτελεσματικής χρησιμοποίησης των οικονομικών και ανθρώπινων πόρων.

Συντάσσει Έκθεση Αποτελεσμάτων επιθεώρησης/ελέγχου με διατύπωση συμπερασμάτων και προτάσεων προς τον ελεγχόμενο φορέα και προθεσμία υλοποίησης τους.

Παρακολουθεί την υλοποίηση των προτάσεων/διορθωτικών ενεργειών από τους υπόχρεους φορείς και υπηρεσίες και αξιολογεί την αποτελεσματικότητα τους.

Συνδράμει στην επίλυση διαφορών μέσω διοικητικών και νομικών μέτρων και συμβιβασμών.

Συμβάλλει στην αξιολόγηση του κανονιστικού πλαισίου.

Αρμοδιότητες του Τμήματος είναι: Η συγκρότηση των οργάνων ελέγχου για τον έλεγχο των επενδύσεων κατά τη διάρκεια υλοποίησής τους, την ολοκλήρωση και έναρξη της παραγωγικής λειτουργίας τους, και για την τήρηση των μακροχρόνιων υποχρεώσεων. Ο έλεγχος πληρότητας των αιτημάτων ελέγχου και των εκθέσεων ελέγχου και η διαβίβασή τους στα αρμόδια τμήματα της Διεύθυνσης. H υποβολή προτάσεων για τη θεσμοθέτηση διαδικασιών πιστοποίησης, εκπαίδευσης, αξιολόγησης των μελών του Μητρώου Ελεγκτών και σύνταξης Οδηγού Δεοντολογίας Ελεγκτών και Ελέγχου Επενδύσεων. Η εισαγωγή και ο έλεγχος των στοιχείων παρακολούθησης της υλοποίησης των επενδύσεων και η υποβολή αυτών για την περιοδική έκδοση αποτελεσμάτων παρακολούθησης και προόδου υλοποίησης των επενδύσεων. H παρακολούθηση των επενδύσεων για την τήρηση των μακροχρόνιων υποχρεώσεων και η περιοδική παροχή στοιχείων σχετικά με την τήρηση ή μη. Η ευθύνη για την παρακολούθηση της υποβολής των Δηλώσεων Φορολογικής Απαλλαγής (ΔΦΑ) των αναπτυξιακών νόμων. Η διαχείριση του Προγράμματος Τεχνικής Βοήθειας που δικαιούται η Γενική Διεύθυνση ως Ενδιάμεσος Φορέας Διαχείρισης, όπως ενέργειες ένταξης Πράξεων στο ΕΠ Τεχνική Βοήθεια, χρηματοδότησης από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων, ανάθεσης-διαχείρισης συμβάσεων με προμηθευτές και παρόχους υπηρεσιών. Η εισήγηση για έκδοση αποφάσεων κυρώσεων και δημοσιονομικών διορθώσεων και ανακτήσεων, μετά τη δημοσίευση της απόφασης ολοκλήρωσης και έναρξης παραγωγικής λειτουργίας των επενδύσεων. Η παρακολούθηση της διαδικασίας ανάκτησης της χορηγηθείσας ενίσχυσης. Η εισήγηση επί θεμάτων αρμοδιότητας ενώπιον της Γνωμοδοτικής Επιτροπής. Η αποστολή στοιχείων και η παροχή διευκρινίσεων με τη συνδρομή και των λοιπών τμημάτων της Διεύθυνσης και του Γραφείου Νομικής Υποστήριξης της Γενικής Διεύθυνσης, επί θεμάτων αρμοδιότητας στις δικαστικές και ελεγκτικές αρχές. Η εισήγηση επί της έκδοσης κανονιστικών πράξεων για την εφαρμογή της νομοθεσίας που αφορούν στις αρμοδιότητες του τμήματος.