Σχεδιάζει, συντονίζει και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές των τομέων αρμοδιότητας.

Προτείνει και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές των τομέων αρμοδιότητας.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει, ελέγχει και αξιολογεί σχέδια δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη της αγροδιατροφικής αλυσίδας στους τομείς αρμοδιότητας.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις υγειονομικές απαιτήσεις του εμπορίου ζώντων ζώων, τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων.

Εντοπίζει και καταγράφει προβλήματα που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη των τομέων αρμοδιότητας και καταθέτει προτάσεις για την αντιμετώπισή τους.

Διαχειρίζεται και διενεργεί εργαστηριακές αναλύσεις και εκπαιδεύσεις

Το Τμήμα Κτηνιατρικής Δημόσιας Υγείας είναι αρμόδιο ιδίως για: I. Τη μέριμνα για την εφαρμογή, όλων των νομοθετικών και διοικητικών πράξεων, που σκοπό έχουν την καθιέρωση υγειονομικών προδιαγραφών των κρεάτων των μηρυκαστικών, χοίρων, πτηνών, μονόπλων, θηραμάτων και λοιπών ζώων, που το κρέας τους προορίζεται για ανθρώπινη κατανάλωση, των επεξεργασμένων κρεάτων και των προϊόντων κρέατος, του νωπού γάλακτος και των γαλακτοκομικών προϊόντων, των νωπών και κατεψυγμένων αλιευμάτων, των επεξεργασμένων αλιευμάτων και των προϊόντων αυτών για την προστασία της δημόσιας υγείας και κτηνοτροφίας, σε συνεργασία, με αρμόδιες Υπηρεσίες. II. Την έκδοση απόφασης συγκρότησης ομάδας εργασίας η οποία έχει έργο την εκπόνηση, ανασκόπηση και επικαιροποίηση της υγειονομικής μελέτης, σύμφωνα με το εγχειρίδιο για τον μικροβιολογικό έλεγχο των περιοχών παραγωγής δίθυρων μαλακίων και τις κατευθυντήριες οδηγίες για την κατηγοριοποίηση και παρακολούθηση των περιοχών παραγωγής και μετεγκατάστασης Ζώντων Δίθυρων Μαλακίων (ΖΔΜ) του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων (ΥΠΑΑΤ) III. Την έκδοση απόφασης ορισμού ζώνης αλιείας και παραγωγής Ζώντων Δίθυρων Μαλακίων (ΖΔΜ) (π.δ. 79/2007) μετά την εισήγηση της ομάδας εργασίας και τον καθορισμό των σημείων και του σχεδίου δειγματοληψίας από τις Π.Ε. IV. Την έκδοση απόφασης κατηγοριοποίησης ζωνών αλιείας και παραγωγής Ζώντων Δίθυρων Μαλακίων (ΖΔΜ) (π.δ. 79/2007) μετά την εισήγηση της ομάδας εργασίας και μελέτη των εργαστηριακών αποτελεσμάτων των δειγματοληψιών που έχουν γίνει από τις Π.Ε.. V. Την τήρηση αρχείου στοιχείων, από τις αρμόδιες υπηρεσίες των Περιφερειακών ενοτήτων για επιβολή ποινικών και διοικητικών κυρώσεων σε επιχειρήσεις που δεν πληρούν τις απαιτήσεις της ισχύουσας νομοθεσίας. VI. Την τήρηση αρχείου των επίσημων επιθεωρήσεων των εγκεκριμένων / καταχωρημένων εγκαταστάσεων οι οποίες διενεργούνται από τις αρμόδιες υπηρεσίες των Περιφερειακών Ενοτήτων. VII. Τους ελέγχους για την εφαρμογή εθνικών και κοινοτικών νομοθετικών και διοικητικών πράξεων και των υγειονομικών κανόνων σε θέματα υποδομής, εξοπλισμού και λειτουργικών διαδικασιών στα στάδια παραγωγής, επεξεργασίας, τυποποίησης, συντήρηση, διακίνησης, διάθεσης, εισαγωγής, εξαγωγής και εμπορίας τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων σε συνεργασία με αρμόδιες Υπηρεσίες, με σκοπό την προστασία του καταναλωτή VIII. Τη μέριμνα για την καταγραφή σε μητρώα των υφι στάμενων επιχειρήσεων, εγκαταστάσεων και δραστηριοτήτων. Η κατάρτιση Μητρώου Εμπόρων Επιχειρήσεων Τροφίμων Ζωικής Προέλευσης Χονδρικής πώλησης. IX. Τη συμβολή στην υλοποίηση Εθνικών και Κοινοτικών Προγραμμάτων όπως του Πολυετούς Εθνικού Ολοκληρωμένου Συστήματος Ελέγχου (Π.Ο.Ε.Σ.Ε.). X. Όσες αρμοδιότητες μεταβιβάζονται στην Περιφέρεια από τις Κεντρικές Υπηρεσίες και αναγράφονται σε νόμους, προεδρικά διατάγματα, κανονισμούς, Οδηγίες Συμβουλίου, Ευρωπαϊκούς Κανονισμούς κ.λπ.