Συλλέγει πληροφορίες σχετικά με τις περιοχές, τις διαδικασίες και διεργασίες που πρόκειται να ελεγχθούν και πραγματοποιεί συναντήσεις/συνεντεύξεις με εκπροσώπους του φορέα.

Προγραμματίζει εσωτερικούς ελέγχους μέσω κατάρτισης επιμέρους αναλυτικών προγραμμάτων ελέγχου ανά διεύθυνση/τμήμα/υπηρεσία ή/και διαδικασία-διεργασία.

Συλλέγει στοιχεία για τον σχεδιασμό και την οργάνωση εσωτερικών επιθεωρήσεων που διενεργούνται σύμφωνα με προκαθορισμένες διαδικασίες. Συμμετέχει στην κατάρτιση προγραμμάτων εσωτερικών επιθεωρήσεων βάσει κριτηρίων και αξιολόγηση των κινδύνων. Παρακολουθεί, ελέγχει και αξιολογεί την τήρηση των διαδικασιών που προβλέπονται από την εφαρμογή του Συστήματος Διαχείρισης της Ποιότητας του Φορέα με στόχο την διασφάλιση της ποιότητας των υπηρεσιών και της αποτελεσματικότητας των ελέγχων που διενεργούνται από αυτόν. Συμβάλλει στην επικαιροποίηση της πολιτικής των εσωτερικών επιθεωρήσεων και των διαδικασιών του Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας. Διεξάγει εσωτερικές επιθεωρήσεις με στόχο την αξιολόγηση της συμμόρφωσης του Φορέα με την εθνική και ενωσιακή νομοθεσία που διέπει τη λειτουργία του και την υλοποίηση του επίσημου ελέγχου των τροφίμων από τις υπηρεσίες του και τις συναρμόδιες αρχές στις οποίες έχει μεταβιβάσει αρμοδιότητες. Συντάσσει έκθεση αποτελεσμάτων επιθεώρησης/ελέγχου με διατύπωση των ευρημάτων και συμπερασμάτων της εσωτερικής επιθεώρησης για λήψη σχολίων και παρατηρήσεων από τις ελεγχόμενες υπηρεσίες, καθώς και πλάνα δράσης στη βάση συστάσεων και πιθανών προτάσεων βελτίωσης προς τις ελεγχόμενες υπηρεσίες και προθεσμία υλοποίησης τους. Κοινοποιεί τα ευρήματα του ελέγχου στους αρμόδιους προϊστάμενους/Διευθυντές κάθε τμήματος-μονάδας-υπηρεσίας. Παρακολουθεί το βαθμό υλοποίησης διορθωτικών ενεργειών και προτάσεων προς βελτίωση, οι οποίες έχουν αναληφθεί στο πλαίσιο αφενός των εσωτερικών επιθεωρήσεων του ΕΦΕΤ και αφετέρου των επιθεωρήσεων τρίτων μερών, συμπεριλαμβανομένων των θεσμικών οργάνων της Ε.Ε. και αξιολογεί την αποτελεσματικότητά τους. Συμβάλλει στον έλεγχο και στην αξιολόγηση της αποδοτικότητας της λειτουργίας του Φορέα στο πλαίσιο της υλοποίησης των στρατηγικών και επιχειρησιακών στόχων του, με την εφαρμογή προκαθορισμένων διαδικασιών και δεικτών μέτρησης. Συνεργάζεται και ανταλλάσσει πληροφορίες με μονάδες εσωτερικών επιθεωρήσεων άλλων φορέων σε εθνικό επίπεδο για θέματα αποτελεσματικότητας των επίσημων ελέγχων των τροφίμων.