Ο συντονισμός των εμπλεκομένων υπηρεσιών, σε εφαρμογή της υφιστάμενης εθνικής και ευρωπαϊκής νομοθεσίας καθώς και των Διεθνών Συνθηκών για την προστασία του περιβάλλοντος και τη βιώσιμη ανάπτυξη, στους τομείς της κλιματικής αλλαγής, της ποιότητας της ατμόσφαιρας, της βιοποικιλότητας, της φύσης των προστατευόμενων περιοχών, της διαχείρισης αποβλήτων, του εδάφους και των περιβαλλοντικών πιστοποιήσεων.

Η εισήγηση κατάλληλων θεσμικών ρυθμίσεων για τη λήψη και εφαρμογή νέων απαιτούμενων μέτρων και δράσεων, που αποσκοπούν στην προστασία και διατήρηση του περιβάλλοντος στους ανωτέρω αναφερόμενους τομείς, σε συνεργασία με άλλα συναρμόδια Υπουργεία.

Συμμετέχει στο σχεδιασμό, τον προγραμματισμό και την εφαρμογή αναπτυξιακών προγραμμάτων και έργων της Μονάδας Διαχείρισης. Διενεργεί τις διαδικασίες ένταξης έργων της Μονάδας Διαχείρισης. Παρακολουθεί και ελέγχει τους εξωτερικούς συνεργάτες και ελεγκτές στο πλαίσιο υλοποίησης και εφαρμογής των αναπτυξιακών προγραμμάτων και έργων της Μονάδας Διαχείρισης. Η εποπτεία της εφαρμογής των θεσμοθετημένων μέτρων προστασίας και διαχείρισης στην προστατευόμενη περιοχής της Μονάδας Διαχείρισης. Ο συντονισμός, η παρακολούθηση, ο έλεγχος και η προώθηση της διαδικασίας έγκρισης των Ειδικών Περιβαλλοντικών Μελετών (Ε.Π.Μ.) και των σχεδίων ΠΔ καθώς και η αξιολόγηση της εφαρμογής της αποτελεσματικότητας των ρυθμίσεων των Π.Δ, στην προστατευόμενη περιοχής της Μονάδας Διαχείρισης. Συμβάλλει στην κατάρτιση Ετήσιας Έκθεσης για τις προστατευόμενες περιοχές της χωρικής αρμοδιότητάς της Μονάδας Διαχείρισης. Η σύνταξη απαντήσεων, σε έγγραφα, σε θέματα αρμοδιότητας της Μονάδας Διαχείρισης. Η συμμετοχή σε επιτροπές διενέργειας διαγωνισμών και επιτροπές παρακολούθησης έργων. Η επικουρία των αρμοδίων διοικητικών αρχών στον έλεγχο της εφαρμογής της περιβαλλοντικής νομοθεσίας και των περιβαλλοντικών όρων που ισχύουν ή επιβάλλονται αντιστοίχως για έργα ή δραστηριότητας που πραγματοποιούνται στις περιοχές ευθύνης τους. Συμμετέχει σε διαβουλεύσεις με την τοπική κοινωνία, τους παραγωγικούς φορείς και κάθε άλλον εμπλεκόμενο κατά περίπτωση φορέα, εντός των περιοχών ευθύνης της ΜΔ σε οποιαδήποτε περίπτωση απαιτείται, με στόχο την ολοκληρωμένη διαχείριση, την αποτελεσματική προστασία και την ανάδειξη των αξιών των προστατευόμενων περιοχών, καθώς και την ενσωμάτωση της περιβαλλοντικής παραμέτρου στα τοπικά αναπτυξιακά πρότυπα και προγράμματα. Συμμετέχει στην κατάρτιση Τοπικών Σχεδίων Δράσεων Προτεραιοτήτων (ΤΣΔΠ), στα οποία καθορίζονται οι ανάγκες και οι προτεραιότητες χρηματοδότησης αναφορικά με τη διαχείριση των προστατευτέων αντικειμένων και με την προτεραιότητα της διατήρησης της καλής κατάστασης των οικοτόπων. Συμμετέχει στην κατάρτιση μελετών και διεξαγωγή ερευνών, καθώς και στην εκτέλεση τεχνικών ή άλλων έργων που περιλαμβάνονται στα οικεία σχέδια διαχείρισης και είναι απαραίτητα για την προστασία, διατήρηση, αποκατάσταση και ανάδειξη των προστατευόμενων περιοχών. Συγκεντρώνει επιστημονικές πληροφορίες και αξιόπιστα δεδομένα που προέρχονται από ερευνητικά και άλλα προγράμματα στις περιοχές ευθύνης τους και τα ο οργανώνει σε κατάλληλη υποδομή θεματικών και χωρικών βάσεων των δεδομένων που αφορούν τα προστατευτέα αντικείμενα της χωρικής ευθύνης τους. Εισηγείται για την αξιοποίηση χρηματοδοτικών εργαλείων και εσόδων από οικοτουριστικές και λοιπές δραστηριότητές τους για την ανάδειξη τοπικών προϊόντων του πρωτογενούς τομέα και την υλοποίηση έργων και δράσεων προώθησης της περιφερειακής και της τοπικής ανάπτυξης. Η συμμετοχή ή/και εκπροσώπηση σε συναντήσεις, συνέδρια, επιτροπές, ομάδες εργασίας και γενικότερα όπου απαιτείται, σε θέματα αρμοδιότητας της Μονάδας Διαχείρισης.