Σχεδιάζει, συντονίζει και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές των τομέων αρμοδιότητας.

Προτείνει και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές των τομέων αρμοδιότητας.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει, ελέγχει και αξιολογεί σχέδια δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη της αγροδιατροφικής αλυσίδας στους τομείς αρμοδιότητας.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις υγειονομικές απαιτήσεις του εμπορίου ζώντων ζώων, τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων.

Εντοπίζει και καταγράφει προβλήματα που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη των τομέων αρμοδιότητας και καταθέτει προτάσεις για την αντιμετώπισή τους.

Διαχειρίζεται και διενεργεί εργαστηριακές αναλύσεις και εκπαιδεύσεις

Το Τμήμα Κτηνιατρικής Δημόσιας Υγείας είναι αρμόδιο ιδίως για τη χορήγηση ή ανάκληση άδειας ίδρυσης και λειτουργίας σε σφαγεία για τη σφαγή όλων των ειδών των ζώων, για την εφαρμογή της κοινοτικής νομοθεσίας σε θέματα αρμοδιότητας του, για τη χορήγηση αδειών ίδρυσης και λειτουργίας εργαστηρίων και μονάδων τυποποίησης, επεξεργασίας, τεμαχισμού κρέατος, για τη χορήγηση άδειας και λειτουργίας ιχθυοσκάλων, συσκευαστηρίων νωπών αλιευμάτων και εργαστηρίων μεταποίησης και συσκευασίας κατεψυγμένων αλιευμάτων, την τήρηση μητρώου εμπόρων εισαγωγών και εξαγωγών τροφίμων ζωικής προέλευσης, καθώς και για κάθε είδους αδειοδότηση, σύμφωνα με την κοινοτική νομοθεσία, η οποία έχει ανατεθεί στην περιφέρεια από την κεντρική διοίκηση.