Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αγροτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αγροτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη του αγροτικού τομέα και την αγρο-διατροφική υγιεινή και ασφάλεια.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη του αγροτικού τομέα.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αγροτικών προϊόντων.

Το Τμήμα Φυτικής και Ζωικής Παραγωγής είναι αρμόδιο ιδίως για την εφαρμογή προγραμμάτων και τη λήψη μέτρων για τη βελτίωση της δενδροκομίας, της αμπελουργίας, των φυτών μεγάλης καλλιέργειας, των κηπευτικών καθώς και των καλλωπιστικών και φαρμακευτικών φυτών, εφαρμογή προγραμμάτων και λήψη μέτρων για τη ζωική παραγωγή, τη μελισσοκομία, την παρακολούθηση κτηνοτροφικών εγκαταστάσεων, την παραγωγή και την κυκλοφορία των ζωοτροφών, τη μελέτη και τον προγραμματισμό διατήρησης της γονιμότητας και βελτίωσης των γεωργικών εδαφών, τη ρύθμιση θεμάτων που προκύπτουν από τη χωροθέτηση της γεωργικής γης και των βοσκοτόπων, την αλλαγή της χρήσης τους και εγγειοδιαρθρωτικές επεμβάσεις στις ιδιωτικές γεωργικές εκμεταλλεύσεις και τη μελέτη των σχετικών προβλημάτων, σε συνεργασία με τις λοιπές υπηρεσίες της Περιφέρειας, καθώς και για κάθε άλλο θέμα που αφορά την ανάπτυξη της γεωργικής και ζωικής παραγωγής στην περιοχή των Περιφερειακών Ενοτήτων Κυκλάδων που δεν ανατίθεται σε άλλη διεύθυνση ή τμήμα.