Ελέγχει την επάρκεια του συστήματος διαχείρισης καθώς και του συστήματος εσωτερικού ελέγχου του φορέα και εισηγείται σχετικές προτάσεις βελτίωσης

Ελέγχει την ορθή διενέργεια των δαπανών, την ορθή είσπραξη και εμφάνιση των εσόδων, τη διαχείριση κινδύνων, όπως και τη διαχείριση της περιουσίας του φορέα με την εξακρίβωση του ενεργητικού και παθητικού και του μισθολογικού κόστους, για τον εντοπισμό τυχόν φαινομένων κακοδιοίκησης και κακοδιαχείρισης, κατάχρησης, σπατάλης, απάτης ή διαφθοράς και την αποτροπή τους στο μέλλον

Αξιολογεί την αποδοτικότητα και την αποτελεσματικότητα των δραστηριοτήτων του φορέα (αξιολόγηση της λειτουργίας του φορέα βάσει της αρχής της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης)

Διαβεβαιώνει την ακρίβεια, την αξιοπιστία και την έγκαιρη προετοιμασία των χρηματοοικονομικών (και λοιπών) αναφορών

Διαβιβάζει πληροφορίες στον Προϊστάμενο της Γενικής Διεύθυνσης στην περίπτωση ύπαρξης ή υπόνοιας ή καταγγελίας πειθαρχικού ή ποινικού αδικήματος

Μεριμνά για την εξασφάλιση του απορρήτου και την ασφαλή φύλαξη των αποδεικτικών στοιχείων για όσο χρονικό διάστημα απαιτείται

Ειδικότερα καθήκοντα στο πλαίσιο άσκησης των αρμοδιοτήτων του Αυτοτελούς Τμήματος, όπως προδιαγράφονται στις οικείες οργανικές διατάξεις:

Ελέγχει τα πληροφοριακά συστήματα του Ε.Κ.Δ.Δ.Α., προκειμένου να διαπιστωθεί κατά πόσο επιτυγχάνουν τους σκοπούς τους και εάν έχουν ενσωματωθεί σε αυτά επαρκείς ασφαλιστικές δικλείδες/μηχανισμοί ελέγχου.

Διενεργεί τακτικό έλεγχο των παγίων προκαταβολών του Ε.Κ.Δ.Δ.Α., οικονομικό και διαχειριστικό έλεγχο των δημόσιων υπόλογων και δημόσιων διαχειρίσεων που υπάγονται στο Ε.Κ.Δ.Δ.Α.

Διενεργεί Ένορκη Διοικητική Εξέταση (Ε.Δ.Ε.) σε περίπτωση απώλειας δικαιολογητικών πληρωμής δημόσιας δαπάνης πριν την έκδοση τίτλου πληρωμής.

Διενεργεί έρευνα σε περίπτωση αντικειμενικής αδυναμίας απόδοσης λογαριασμού χρηματικού εντάλματος προπληρωμής.

Εισηγείται την επιβολή δημοσιονομικών διορθώσεων σε περίπτωση που εντοπιστούν μεμονωμένες ή συστημικές παρατυπίες και παρακολουθεί την εκτέλεσή τους.

Συνδράμει στην εκπόνηση έκθεσης ελέγχου, η οποία κοινοποιείται στο Ελεγκτικό Συνέδριο, κατ εφαρμογή της κείμενης νομοθεσίας (άρθρο 168 του Ν. 4270/2014).