Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αγροτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αγροτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη του αγροτικού τομέα και την αγρο-διατροφική υγιεινή και ασφάλεια.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη του αγροτικού τομέα.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αγροτικών προϊόντων.

Μεριμνά για το φυτοϋγειονομικό έλεγχο εισαγομένων και εξαγομένων γεωργικών προϊόντων, το φυτοϋγειονομικό έλεγχο πολλαπλασιαστικού υλικού και των φυτωρίων, τον έλεγχο εφαρμογής οινικής νομοθεσίας σε οινοβιομηχανίες ως προς την παραγωγή, διακίνηση και εμπορία οινικών προϊόντων, τη χορήγηση φυτοϋγειονομικού διαβατηρίου, την εφαρμογή προγράμματος δακοκτονίας, αρουραιοκτονίας και ακριδοκτονίας, την επισήμανση και την παρακολούθηση της εξέλιξης εχθρών και ασθενειών των καλλιεργειών και την εφαρμογή μέτρων για την αντιμετώπισή τους, τη διενέργεια προγράμματος επισκοπήσεων για εχθρούς και ασθένειες καραντίνας, τον έλεγχο, τη διακίνηση και την χρήση φυτοπροστατευτικών προϊόντων και βιοκτόνων και τον έλεγχο επί των εκμεταλλεύσεων, επιχειρήσεων και ενώσεων αυτών που εμπλέκονται σε οποιοδήποτε στάδιο παραγωγής και εμπορίας φυτών και φυτικών προϊόντων.

Είναι αρμόδιος για τον συντονισμό και την πραγματοποίηση ελέγχων όπως : οι έλεγχοι των υπολειμμάτων γεωργικών φαρμάκων, ο ποιοτικός έλεγχος τροφίμων φυτικής προέλευσης και κατεψυγμένων προϊόντων, οι έλεγχοι στα πλαίσια των Πολυετών Ολοκληρωμένων Εθνικών Σχεδίων Ελέγχου (ΠΟΕΣΕ) καθώς και ο έλεγχος των εγκαταστάσεων και η επιθεώρηση HACCP των μεταποιητικών μονάδων τροφίμων φυτικής προέλευσης, η τήρηση του Μητρώου Εμπόρων Νωπών Οπωροκηπευτικών (ΜΕΝΟ) και του Κεντρικού Ηλεκτρονικού Μητρώου Οικοτεχνίας (ΚΗΜΟ).