Σχεδιάζει, συντονίζει και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές των τομέων αρμοδιότητας.

Προτείνει και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές των τομέων αρμοδιότητας.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει, ελέγχει και αξιολογεί σχέδια δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη της αγροδιατροφικής αλυσίδας στους τομείς αρμοδιότητας.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις υγειονομικές απαιτήσεις του εμπορίου ζώντων ζώων, τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων.

Εντοπίζει και καταγράφει προβλήματα που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη των τομέων αρμοδιότητας και καταθέτει προτάσεις για την αντιμετώπισή τους.

Διαχειρίζεται και διενεργεί εργαστηριακές αναλύσεις και εκπαιδεύσεις

Το Τμήμα Κτηνιατρικής Δωδεκανήσου είναι αρμόδιο για όλες τις κτηνιατρικές αρμοδιότητες (υγείας ζωών, δημόσιας υγείας, αντίληψης φαρμάκων) που ασκούνται από την Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου όπως κάθε φορά προβλέπονται από την ισχύουσα νομοθεσία. Το Τμήμα είναι αρμόδιο ιδίως: για τη διενέργεια των ελέγχων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, για την προστασία του ζωικού κεφαλαίου, την εξασφάλιση της υγείας των ζώων και τη λήψη μέτρων για την προστασία της δημόσιας υγείας. Επίσης, είναι αρμόδιο για την διενέργεια των ελέγχων στην περιοχή ευθύνης του (Δωδεκάνησα) για την υγιεινή και την ασφάλεια των τροφίμων ζωικής προέλευσης, την εφαρμογή της ορθής πρακτικής για την διαχείριση των ζωικών υποπροϊόντων, την εφαρμογή των εθνικών και κοινοτικών προγραμμάτων που αφορούν την υγεία των ζώων, την κτηνιατρική δημόσια υγεία, τα κτηνιατρικά φάρμακα και τις εφαρμογές και την τήρηση μητρώου κτηνοτρόφων, με την συμβολή των κτηνιάτρων που υπηρετούν τα Τμήματα Πρωτογενούς Τομέα των Περιφερειακών Ενοτήτων στις Κυκλάδες. Το Τμήμα επίσης είναι αρμόδιο ιδίως για την εν γένει παρακολούθηση της άσκησης του ελεύθερου κτηνιατρικού επαγγέλματος στην περιοχή αρμοδιότητάς του, τις εισηγήσεις για χορήγηση άδειας ίδρυσης και λειτουργίας κλινικής μικρών ζώων, κτηνιατρικών κλινικών, ενδιαιτημάτων ζώων, καταφυγίων, κέντρων συλλογής και περίθαλψης μικρών ζώων, τη μέριμνα εφαρμογής της νομοθεσίας για την προστασία των ζώων και την εμπορία των ζώων συντροφιάς, καθώς και για τη διαχείριση και καταγραφή μητρώου κτηνοτρόφων.