Σχεδιάζει, συντονίζει και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές των τομέων αρμοδιότητας.

Προτείνει και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές των τομέων αρμοδιότητας.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει, ελέγχει και αξιολογεί σχέδια δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη της αγροδιατροφικής αλυσίδας στους τομείς αρμοδιότητας.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις υγειονομικές απαιτήσεις του εμπορίου ζώντων ζώων, τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων.

Εντοπίζει και καταγράφει προβλήματα που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη των τομέων αρμοδιότητας και καταθέτει προτάσεις για την αντιμετώπισή τους.

Διαχειρίζεται και διενεργεί εργαστηριακές αναλύσεις και εκπαιδεύσεις

Είναι αρμόδιος ιδίως για την εισήγηση, χορήγηση ή ανάκληση άδειας ίδρυσης και λειτουργίας σφαγείων για τη σφαγή όλων των ειδών των ζώων, εργαστηρίων και μονάδων τυποποίησης, επεξεργασίας, τεμαχισμού κρέατος, ιχθυοσκαλών, συσκευαστηρίων νωπών αλιευμάτων και εργαστηρίων μεταποίησης και συσκευασίας κατεψυγμένων αλιευμάτων, κέντρων συλλογής-επεξεργασίας μεταποίησης γάλακτος (τυροκομεία, παραγωγής γιαούρτης κ.λπ.), εγκαταστάσεων αποθήκευσης, ενδιάμεσου χειρισμού και διαχείρισης ζωικών υποπροϊόντων, καθώς και για κάθε είδους αδειοδότηση, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία

Επίσης, προγραμματίζει και διενεργεί ελέγχους σε εγκαταστάσεις τροφίμων ζωικής προέλευσης, διενεργεί αστυκτηνιατρικούς ελέγχους, και είναι αρμόδιος για την τήρηση μητρώου εμπόρων εισαγωγών και εξαγωγών τροφίμων ζωικής προέλευσης

Επιπλέον, είναι αρμόδιος για την εν γένει παρακολούθηση της άσκησης του ελεύθερου κτηνιατρικού επαγγέλματος στην περιοχή αρμοδιότητάς του, τις εισηγήσεις για χορήγηση άδειας ίδρυσης και λειτουργίας καταστημάτων εμπορίας κτηνιατρικών φαρμάκων, κλινικής μικρών ζώων, κτηνιατρικών κλινικών, ενδιαιτημάτων ζώων, καταφυγίων, κέντρων συλλογής και περίθαλψης μικρών ζώων.