Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αγροτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αγροτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη του αγροτικού τομέα και την αγρο-διατροφική υγιεινή και ασφάλεια.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη του αγροτικού τομέα.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αγροτικών προϊόντων.

Τα Τμήματα Ποιοτικού και Φυτοϋγειονομικού Ελέγχου είναι αρμόδια ιδίως για το φυτοϋγειονομικό έλεγχο εισαγομένων και εξαγομένων γεωργικών προϊόντων,το φυτοϋγειονομικό έλεγχο πολλαπλασιαστικού υλικού και των φυτωρίων, τον ποιοτικό έλεγχο διακινουμένων,εισαγόμενων και εξαγόμενων τροφίμων, νωπών, μετα- ποιημένων και υπερκαταψυγμένων φυτικών προϊόντων,τον έλεγχο εφαρμογής οινικής νομοθεσίας σε οινοβιο- μηχανίες ως προς την παραγωγή, διακίνηση και εμπορία οινικών προϊόντων, τη χορήγηση φυτοϋγειονομικού δι- αβατηρίου, την εφαρμογή προγράμματος δακοκτονίας,αρουραιοκτονίας και ακριδοκτονίας, την επισήμανση και την παρακολούθηση της εξέλιξης εχθρών και ασθενειών των καλλιεργειών και την εφαρμογή μέτρων για την αντιμετώπισή τους, τη διενέργεια προγράμματος επισκοπήσεων για εχθρούς και ασθένειες καραντίνας,τον έλεγχο και τη διακίνηση φυτοπροστατευτικών προϊόντων και τον έλεγχο επί των εκμεταλλεύσεων, επιχειρήσεων και ενώσεων αυτών που εμπλέκονται σε οποιοδήποτε στάδιο παραγωγής και εμπορίας φυτών και φυτικών προϊόντων, τον έλεγχο της εφαρμογής της νομοθεσίας περί «γεωργικών φαρμάκων - φυτοπροστατευτικών προϊόντων», τον έλεγχο εγκαταστάσεων μονάδων τυποποίησης, μεταποίησης και οικοτεχνίας (ΚΗΜΟ) φυτικών προϊόντων, τη τήρηση του μητρώου νωπών οπωροκηπευτικών (ΜΕΝΟ), τη τήρηση μητρώου καταστημάτων εμπορίας γεωργικών φαρμάκων σύμφωνα με την ισχύουσα Κοινοτική και Εθνική νομοθεσία ως προς την τυποποίηση, μεταποίηση, διακίνηση και εμπορία αυτών.