Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αγροτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αγροτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη του αγροτικού τομέα και την αγρο-διατροφική υγιεινή και ασφάλεια.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη του αγροτικού τομέα.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αγροτικών προϊόντων.

Το Τμήμα Προγραμματισμού είναι αρμόδιο ιδίως για την κατάρτιση ετήσιων και πολυετών περιφερειακών αναπτυξιακών προγραμμάτων για τη γεωργία, την κτηνοτροφία και την αλιεία, καθώς και για την εκπόνηση και αξιολόγηση σχετικών μελετών και μέτρων πολιτικής, για την παρακολούθηση εκτέλεσης των ανωτέρω προγραμμάτων, την έγκριση, τον έλεγχο και την παραλαβή έργων και εργασιών περιφερειακού επιπέδου, τη διαφύλαξη και προστασία της γεωργικής γης από αλλαγή χρήσης της και ιδιαίτερα της γεωργικής γης με υψηλή παραγωγικότητα, τη σύνταξη τομεακών και λοιπών προγραμμάτων έργων υποδομής για τη μεταποίηση αγροτικών προϊόντων και την πρόταση για την ένταξη τους σε τομεακά εθνικά προγράμματα καθώς και την αντιμετώπιση των τεχνικών, οικονομικών και διαρθρωτικών προβλημάτων των γεωργικών εκμεταλλεύσεων.