Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί τις εθνικές στρατηγικές του αγροτικού τομέα.

Προτείνει ή/και υλοποιεί τις εθνικές πολιτικές του αγροτικού τομέα.

Συμπράττει στη διαμόρφωση, υλοποίηση ή/και ενσωμάτωση του διεθνούς και ενωσιακού δικαίου στο εθνικό δίκαιο και ελέγχει την εφαρμογή τους.

Σχεδιάζει, συντονίζει ή/και υλοποιεί προγράμματα δράσεων και ελέγχων για την ανάπτυξη του αγροτικού τομέα και την αγρο-διατροφική υγιεινή και ασφάλεια.

Λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για τον εντοπισμό, την καταγραφή και την επίλυση προβλημάτων που συνδέονται με τη βιώσιμη ανάπτυξη του αγροτικού τομέα.

Ελέγχει τη συμμόρφωση με τις απαιτήσεις παραγωγής και εμπορίας αγροτικών προϊόντων.

Το Τμήμα Πρωτογενούς Τομέα ΠΕ Νάξου εκτελεί αρμοδιότητες των λειτουργικών τμημάτων της Διεύθυνσης Πρωτογενούς Τομέα Κυκλάδων. Το μέγεθος, το εύρος και η φύση των υποθέσεων που εκτελεί ή διαχειρίζεται, καθορίζονται από την Διεύθυνση Πρωτογενούς Τομέα Κυκλάδων, με γνώμονα το δυναμικό του Τμήματος και τις διαθέσιμες ειδικότητες. Υιοθετεί και τηρεί τα ψηφιακά εργαλεία και τα δίκτυα που συνδέουν τις υπηρεσίες της Περιφέρειας για την ταχύτερη και αποτελεσματικότερη εκτέλεση της αποστολής της και την αντιμετώπιση της εδαφικής ασυνέχειας στη διοίκηση.